Evernote for Macを手になじませる設定アレコレ
Macを起動しているほとんどの時間、Evernoteは起動しっぱなしです。使う時間が長いので、少しでも快適に使うために設定を工夫しています。
アプリケーションがクラッシュして、すべて再設定したので、このタイミングで行った設定をまとめました。
環境設定
メニューバーアイコン非表示

メニューバーからEvernoteを操作しないためアイコンは表示しません。
同期頻度:手動
同期している間はEvernoteの動作が重くなります。ちょうど使うタイミングで同期が始まると、イラッとしますよね。

同期タイミングをコントロールするために、手動で同期します。タイミングは、席を離れるとき、他のアプリケーションを操作するとき、外出するときなど、Evernoteを操作しないときです。その間はどれだけ動作が重くても構わないですからね。
あと、忘れっぽいので、外出直前に「Evernote for Mac同期」というタスクを入れてます。同期し忘れて外出先で見れない、という残念なことになりかねませんので。
クリッピング後無反応

クリッピング後のチェックボックスはすべてオフです。
クリップした後に反応する必要はないと思います。Dockのアイコンがポップアップするのはエラーが起きたときくらいです。
ツールバー
一覧ウインドウ

@goryugoさんも記事にしていますが、同様に「アイコンのみ」、「小さなサイズを使用」で設定しています。
参考:【小ネタ】Evernoteのツールバーを小さくして一覧性を高める | goryugo
少しでも縦を長くしたいのです。ただし、検索窓を使うので非表示にはしません。
ノートウインドウ

一方、ノートウインドウはツールバー自体を非表示にしています。ツールバーから使う機能がありません。
サイドバー(ソースリスト)

サイドバーに表示するのはタグのみです。これは珍しいかもしれませんね。タグの数が多く、少しでも表示範囲を広くするためです。
逆に、他の項目はサイドバー以外でも使えます。

「ノートブック」、「保存された検索」による検索はFovoritesBarで十分です。FavoritesBarの「タグ」検索はよく使いますが、タグを複数選択できないので、サイドバーにタグを表示しておく必要があります。
「ノートブック移動」はだいたい右クリックから行います。メニューバーからもできますね。ノートブックが多くないため、これで平気です。

「アクティビティ」は、必要なときだけ[⌘0]で別ウインドウに表示します。
ビュー
使うビューは「サマリービュー」または「リストビュー」です。
サマリービュー

更新日順で新しいノートが上になるようにします。更新日が新しいほど、使う頻度が高いためです。
リストビュー

リストビューは他のビューに比べてソートキーが豊富ですよね。細かいことは説明しませんが、「ノートブック」、「作成日」、「更新日」をベースにソートします。

基本的に、「サイズ」以外の属性を表示しています。
ショートカットキー
頻繁に使う機能はショートカットキーを割り当てるとスピードアップになります。Evernoteのショートカットキーはかなり使っていますが、今回は、デフォルト以外で割り当てているショートカットキーです。
設定方法は、システム環境設定.app>キーボード>キーボードショートカット>アプリケーション で「+」ボタンです。
ノートを別ウインドウで開く:[⌘O]

リストビューと組み合わせて使うことが多いです。
ただし、自分の環境だけかもしれませんが、なぜかアプリケーション起動直後はうまく動作しません…。

ショートカットキーが動作しない場合は、メニューバーの「ノート」をクリックすると、動くようになります。一度行えば、アプリケーションを起動している間、ショートカットキーできちんと動きます。
ノートリンクをコピー:[⌥⌘C]

Google Chromeの「URL をコピー」と合わせています。
上の「ノートを別ウインドウで開く」も同様ですが、ノートを複数選択して実行すると、まとめて動作します。
おわりに
以前はフォントとかも変更していましたが、必要ないかな、と考えて今はデフォルトのままです。
「自分が普段どう使うか」を意識しながら、自分に合った設定をしていくと、便利になるのではないかと思います。
ノート数上限の話ですが、マージ、削除によりノートを3万ほど減らして、一応使えるようになりました。でも、今使えるのはWeb上にあったノートのみで、オフラインノートブックにあったノートはまだ使えません。
ある程度解決したら、改めてブログ記事にするかもしれません。
参考:Evernoteのノート数が上限である100,000ノートに到達しました - s_z_k_3’s Scripts in Tumblr.com